Twee jaar na de gebeurtenissen van Galaxy Express 999 is de aarde een slagveld geworden en wordt Tetsuro opgeroepen om opnieuw aan boord van de Three-Nine te gaan. In deze, de verpletterende, avondvullende theatrale afsluiting van het epische verhaal van Leiji Matsumoto, zullen alle vragen worden beantwoord en zullen alle mysteries worden onthuld terwijl Tetsuro aan een reis begint die een geheim zal onthullen dat zo vreselijk is dat zelfs Maetel het nauwelijks kan verdragen om erover te praten.
