Además de haber sido restablecida, el tiempo pasa 256 veces más rápido desde la perspectiva de Yui, al contrario que en la vida real, donde el tiempo fluye de forma normal. Yui y los software Correctores se enfrentan a Bogles, un virus relacionado con una niña misteriosa que aparece en todos los brotes de infección virtual. Ai Shinozaki, es introducida en la serie como una Correctora como Yui, que busca el virus independientemente de Yui y su grupo.
