Il Net-Navi supremo PharaohMan si è risvegliato ed ha attivato il suo piano per conquistare il mondo. Nel frattempo, Lan è devastato dalla perdita di MegaMan, ma ci può essere ancora una speranza di recuperarlo dalla rete: parte dei dati di MegaMan sono infatti conservati nei PET dei suoi amici, e il padre di Lan torna a casa giusto in tempo per aiutare la rinascita MegaMan.
