PharaohMan invia un satellite verso Dentech City, e nessuno sembra essere in grado di fermarlo. Tuttavia, all'ultimo momento, MegaMan si rigenera e, assistito da ProtoMan riesce a sconfiggere PharaohMan grazie ad un doppio programma avanzato, riprendendo così il controllo della rete. Utilizzando poi una nuova abilità chiamata Style Change, MegaMan si trasforma e riesce a fermare Stoneman e BlasterMan prima che prendano ciò che resta di PharaohMan e lo consegnino nelle mani di Mister While, il capo della Mondo Tre.
